Г. Конформация полипептидной цепи

Каждый аминокислотный остаток, за исключением концевых, принимает участие в образовании двух пептидных связей (с предыдущим и последующим фрагментами). Поскольку вращение вокруг связи C-N затруднено, повороты возможны только вокруг связей N—Cα, и Cα—C (2). Такие повороты измеряются двугранными углами φ и ψ. Угол φ характеризует поворот вокруг связи N—Cα, а следовательно, положение предшествующей пептидной связи; угол ψ характеризует поворот вокруг связи Сα—C, то есть положение последующей связи.

Для каждого конкретного аминокислотного остатка ввиду стерических ограничений разрешены только определённые комбинации углов вращения φ и ψ. Для наглядности информацию о связи между углами φ и ψ в каждом пептидном звене представляют графически с помощью φ/ψ-карты (1). На карте видно, что большинство комбинаций двугранных углов оказываются запрещёнными (поля, выделенные красным цветом). Так, например, при комбинации φ = 0°/ψ = 180° (4) атомы кислорода карбонильных групп должны сблизиться на расстояние 115 пм, что намного меньше, чем сумма вандерваальсовых радиусов двух атомов. Аналогичным образом, при комбинации φ = 180°/ψ = 0° (5) происходит наложение водородных атомов двух NH-групп. Поэтому для углов φ и ψ остаются разрешёнными сочетания, лежащие в пределах дискретных областей, окрашенных в зелёный цвет (2, 3). В эти разрешённые области попадают все приведённые на последующей схеме вторичные структуры. Конформации, попадающие в зоны, выделенные жёлтым цветом, энергетически невыгодны, но возможны.

Конформационные карты (карты Рамачандрана) построены на основе модельных экспериментов с небольшими пептидами. Однако конформационные параметры большинства аминокислотных остатков в белках также попадают в разрешённые области карты. На карте 1 чёрными точками показаны пары углов φ и ψ в небольшом белке инсулине (см. Глобулярные белки).


Биомолекулы. Пептиды и белки / Пептидная связь

Статьи раздела «Пептидная связь»:

Следущая статья   |   — Вернуться в раздел


Биохимия человека (комплект из 2 книг) / Настоящий учебник биологической и медицинской химии и молекулярной биологии широко известен в мире и переведён на многие языки. Авторы 21-го переработанного издания — учёные из США, Великобритании и Канады. Благодаря энциклопедической полноте и чёткости изложения книга может служить справочным пособБиохимия человека (комплект из 2 книг)
Настоящий учебник биологической и медицинской химии и молекулярной биологии ...
Основы клинической биохимии / Авторы монографии поставили перед собой задачу отобрать наиболее достоверные и проверенные факты, описанные в литературе и подтверждённые несколькими исследователями. Кроме того, в монографии отражён их личный опыт и собственные исследования, относящиеся к клинической биохимии, выполненные в различнОсновы клинической биохимии
Авторы монографии поставили перед собой задачу отобрать наиболее достоверные и ...
Биологическая химия / Учебник состоит из четырёх частей, включающих 15 глав, в которых изложены вопросы методики изучения химической структуры и обмена веществ: биосинтеза белка и нуклеиновых кислот, биологического окисления и окислительного фосфорилирования, гормональной регуляции обмана веществ. В целом учебник подготоБиологическая химия
Учебник состоит из четырёх частей, включающих 15 глав, в которых изложены вопросы ...
Молекулярные механизмы взаимодействия эндотоксинов с клетками-мишенями / Открытие истинных рецепторов к эндотоксинам (липополисахаридам), сделанное на рубеже XX и XXI вв., привело к новым представлениям о механизмах развития эндотоксинового шока — ведущего фактора смертности при грамотрицательном сепсисе. Настоящая монография посвящена современным представлениям о структМолекулярные механизмы взаимодействия эндотоксинов с клетками-мишенями
Открытие истинных рецепторов к эндотоксинам (липополисахаридам), сделанное на ...