При исследовании синтетических молекул ДНК было показано, что ДНК может принимать различные конформации. Наиболее часто встречается приведённая здесь В-форма ДНК. Как отмечалось на с. Деградация нуклеотидов, молекула состоит из двух антипараллельных полидезоксинуклеотидных цепей, которые закручены в правую двойную спираль.
Остов этого тяжа образован остатками дезоксирибозы и фосфатными группировками, соединёнными фосфодиэфирными связями. Остов одной цепи выделен тёмно-синим цветом, другой — синим, а основания обеих цепей — голубым. Ароматические кольца отстоят друг от друга на 0,34 нм и почти перпендикулярны оси спирали. Каждое основание повёрнуто по отношению к предыдущему на 35°. На каждый виток двойной спирали (360°) приходится примерно 10 пар оснований, ход спирали — 3,4 нм. Между остовами двух отдельных цепей имеются две широкие бороздки. Большая бороздка видна на модели снизу и сверху, малая бороздка — в центре. ДНК-ассоциированные белки (см. Рибосомы: элонгация, терминация, Механизм действия липофильных гормонов) взаимодействуют с наиболее доступными основаниями в области большой бороздки. Пространственные соотношения между остовом и основаниями более наглядно видны на модели одинарной цепи (справа). На всех моделях аденин окрашен в жёлтый цвет, а комплементарный ему тимин — в оранжевый. На виде сверху (в центре; одна цепь выше другой) основания просматриваются наиболее полно.
В определённых условиях ДНК может принимать А-конформацию (на схеме не приведена). При таком расположении сохраняется правая двойная спираль, однако в отличие от В-формы основания уже не перпендикулярны оси, а находятся под другим углом. В Z-конформации (на схеме не приведена), которая может образовываться в участках В-ДНК, богатых GC, расположение нуклеотидов совершенно иное: двойная спираль скручена влево, а остов имеет характерную зигзагообразную форму (отсюда Z-конформация, или Z-ДНК).
Остов этого тяжа образован остатками дезоксирибозы и фосфатными группировками, соединёнными фосфодиэфирными связями. Остов одной цепи выделен тёмно-синим цветом, другой — синим, а основания обеих цепей — голубым. Ароматические кольца отстоят друг от друга на 0,34 нм и почти перпендикулярны оси спирали. Каждое основание повёрнуто по отношению к предыдущему на 35°. На каждый виток двойной спирали (360°) приходится примерно 10 пар оснований, ход спирали — 3,4 нм. Между остовами двух отдельных цепей имеются две широкие бороздки. Большая бороздка видна на модели снизу и сверху, малая бороздка — в центре. ДНК-ассоциированные белки (см. Рибосомы: элонгация, терминация, Механизм действия липофильных гормонов) взаимодействуют с наиболее доступными основаниями в области большой бороздки. Пространственные соотношения между остовом и основаниями более наглядно видны на модели одинарной цепи (справа). На всех моделях аденин окрашен в жёлтый цвет, а комплементарный ему тимин — в оранжевый. На виде сверху (в центре; одна цепь выше другой) основания просматриваются наиболее полно.
В определённых условиях ДНК может принимать А-конформацию (на схеме не приведена). При таком расположении сохраняется правая двойная спираль, однако в отличие от В-формы основания уже не перпендикулярны оси, а находятся под другим углом. В Z-конформации (на схеме не приведена), которая может образовываться в участках В-ДНК, богатых GC, расположение нуклеотидов совершенно иное: двойная спираль скручена влево, а остов имеет характерную зигзагообразную форму (отсюда Z-конформация, или Z-ДНК).
Статьи раздела «Молекулярные модели ДНК и тРНК»:
Структура:
Списки:
Сложность материала:
Величины и единицы:
Книги Список книг
Методы в молекулярной биофизике. Структура. Функция. Динамика. В 2 томах. Том 2 Учебное пособие посвящено современному описанию физико-химических подходов, ...
Откровенная наука. Беседы с корифеями биохимии и медицинской химии Книга И. Харгиттаи состоит из 36 бесед с выдающимися учёными XX века, работавшими в ...
NMR Studies of Structural Motifs: Protein Folding and Ligand Binding NMR of Structural Motifs: The agrin G3 domain is critical in development and maintenance of the neuromuscular junction. G3 binds -dystroglycan and ...
Physical Properties of Macromolecules Explains and analyzes polymer physical chemistry research methods and experimental data Taking a fresh approach to polymer physical chemistry, ...