Пируватдегидрогеназный комплекс (ПДГ-комплекс) бактерии Escherichia coli достаточно подробно исследован. Он имеет молекулярную массу от 5,3×106 Да и диаметр больше 30 нм, то есть ПДГ-комплекс крупнее, чем рибосома. Комплекс состоит из 60 полипептидов (1, 2): 24 молекулы Е2 (8 тримеров) образуют ядро комплекса кубической формы. Каждая из 6 граней этого куба занята димерами (возможно, тетрамерами) компонентов E3, в то время как на 12 рёбрах куба лежат димеры молекул Е1. Другие дегидрогеназы кетокислот построены аналогично, но могут отличаться числом субъединиц и молекулярной массой.
Пространственная организация составных частей комплекса очень важна для катализа. Кофермент, липоевая кислота, очень подвижен благодаря образованию связи с лизиновым остатком фермента Е2. «Ручка» липоамида длиной примерно 1,4 нм в процессе катализа перемещается между E1 и E3 (3). Липоамид таким способом может взаимодействовать как со связанным в Е1 тиаминдифосфатом, так и с растворимым коферментом А и акцептирующим электроны ФАД в E3. Белковый домен ацетилтрансферазы, который связывает липоевую кислоту, очень гибок. Это дополнительно повышает дальность действия липоамидной «ручки».
Регуляция ПДГ-комплекса организма животных обсуждается в статье Гликолиз.
Пространственная организация составных частей комплекса очень важна для катализа. Кофермент, липоевая кислота, очень подвижен благодаря образованию связи с лизиновым остатком фермента Е2. «Ручка» липоамида длиной примерно 1,4 нм в процессе катализа перемещается между E1 и E3 (3). Липоамид таким способом может взаимодействовать как со связанным в Е1 тиаминдифосфатом, так и с растворимым коферментом А и акцептирующим электроны ФАД в E3. Белковый домен ацетилтрансферазы, который связывает липоевую кислоту, очень гибок. Это дополнительно повышает дальность действия липоамидной «ручки».
Регуляция ПДГ-комплекса организма животных обсуждается в статье Гликолиз.

Статьи раздела «Дегидрогеназы кетокислот»:
- Дегидрогеназы кетокислот
- А. Пируватдегидрогеназа: реакция
- Б. Пируватдегидрогеназный комплекс Escherichia coli
Структура:
Списки:
Сложность материала:
Величины и единицы:
Книги Список книг
Планета вирусов Вирусы — невидимые, но активные участники борьбы за место в биосфере Земли. С их ...
Методы в молекулярной биофизике. Структура. Функция. Динамика. В 2 томах. Том 2 Учебное пособие посвящено современному описанию физико-химических подходов, ...
Ферментативная кинетика. Справочник по механизмам реакций Много лет тому назад под руководством профессора Е. Е. Селькова автором была ...
Histone H1 glycation and rutin metabolites as glycation inhibitors: Nuclear protein glycation in vivo and novel natural product AGE inhibitors Protein glycation, induced by hyperglycemia, is implicated in the appearance of diabetic complications and the aging process. Glycation involves the ...