Б. Секвенирование ДНК

Современным методом определения нуклеотидной последовательности ДНК является метод обрыва цепи (англ. chain termination method). Прежде всего фрагмент ДНК клонируют в фаге М13 (см. Вирусы), из которого легко выделяют однонитевую ДНК (а). Её гибридизуют с короткой ДНК, называемой праймером, которая связывается с 3′-концом однонитевой ДНК (б). Затем к полученной матрице добавляют четыре дезоксирибонуклеозидтрифосфата дНТФ (dNTP): дАТФ (dATP), дГТФ (dGTP), дТГФ (dTGP) и дЦТФ (dCTP). Кроме дезоксирибонуклеозидтрифосфатов в реакционную смесь добавляют один из четырёх дидезоксирибонуклеозидтрифосфатов [ддНТФ (ddNTP)] (см. схему). Затем с помощью ДНК-полимеразы ведут синтез второй (комплементарной) цепи ДНК.

Остановка синтеза (обрыв цепи) будет происходить всякий раз, когда вместо дНТФ в растущую цепь ДНК будет встраиваться соответствующий ему ддНТФ. На схеме принцип метода демонстрируется на примере с ддГТФ. В этом случае образуются фрагменты, которые включают праймер плюс 3, 6, 8, 13 или 14 других нуклеотидов. Для определения последовательности нуклеотидов необходимо поставить 4 отдельные реакции в присутствии каждого из четырёх ддНТФ (в). Затем четыре пробы вносят в соседние лунки пластины геля и проводят гель-электрофорез (г) (см. Методы выделения и анализа белков). Длина пробега каждого компонента обратно пропорциональна длине цепи.

Как только фрагменты ДНК визуализированы (д), нуклеотидную последовательность можно прочесть прямо в геле снизу по направлению к старту в соответствие с очерёдностью, в которой фрагменты располагаются на отдельных «дорожках» (е). Реальная электрофореграмма с четырьмя дорожками приведена на рис. 2. При оптимальных условиях с помощью метода обрыва цепи можно в одном эксперименте определить строение фрагмента, включающего сотни нуклеотидов.


Молекулярная генетика. Генная инженерия / Секвенирование ДНК

Статьи раздела «Секвенирование ДНК»:

Следущая статья   |   — Вернуться в раздел


Биофизика / Энциклопедический курс, излагающий основные разделы предмета — молекулярную биофизику, биофизику клетки и биофизику сложных систем, включая проблемы биологической эволюции. Второе издание переработано по сравнению с первым, вышедшим в 1381 г., и дополнено новыми разделами (бионеорганическая химия и Биофизика
Энциклопедический курс, излагающий основные разделы предмета — молекулярную ...
Защита от биоповреждений, вызываемых грибами / Книга посвящена проблеме снижения химической и биологической опасности в сфере профилактики и борьбы с микоповреждениями промышленных материалов. На основании данных современной литературы и собственных исследований авторы показали, что с этой целью химические и природные фунгициды целесообразно испЗащита от биоповреждений, вызываемых грибами
Книга посвящена проблеме снижения химической и биологической опасности в сфере ...
Ультразвук. Физико-химическое и биологическое действие / Монография посвящена одной из актуальнейших проблем современной биофизики — биофизике и биофизической химии ультразвуковых волн. В ней обобщён большой экспериментальный материал, накопленный за последние годы в этой новой области знания. В книге рассматриваются преимущественно наиболее важные процесУльтразвук. Физико-химическое и биологическое действие
Монография посвящена одной из актуальнейших проблем современной биофизики — ...
Биофизическая химия. В 3 томах. Том 3 / В книге изложены представления о биологических макромолекулах и методах исследования их структуры и функций. В третьем томе приведены материалы по термодинамике и кинетике взаимодействия биополимеров друг с другом и с низкомолекулярнымными гигандами, основам ферментативного катализа, регуляции биолоБиофизическая химия. В 3 томах. Том 3
В книге изложены представления о биологических макромолекулах и методах ...